Né et élevé au cœur de l’oasis isolée de Siwa, Bayek est le dernier représentant des Medjay, la lignée ancestrale des protecteurs du royaume. Ce protecteur est chargé de préserver les traditions de l’Égypte antique, de faire respecter la loi dans la région ainsi que de protéger ceux qui sont en détresse.
Cependant, une tragédie personnelle va le forcer à abandonner sa terre natale afin de se lancer dans une quête de vengeance contre les responsables de son malheur. C’est ainsi qu’il croisera le chemin de grandes figures historiques telles que Jules César, dont l’ambition est de devenir le plus grand conquérant de l’histoire et ainsi surpasser Alexandre le Grand, Ptolémée XIII, jeune pharaon sous le contrôle de l’Ordre des Anciens, ou encore sa sœur, Cléopâtre, des figures engagées dans une guerre acharnée pour le contrôle de l’Égypte. C’est aussi durant cette aventure que se créera la Confrérie des Assassins.