Le jeu vous met dans la peau de l’inspecteur Ayami Ito qui enquête autour de la disparition de son collègue pour se retrouver dans un monde absurde, confrontée à son propre passé.
Tokyo Dark laisse le destin du personnage principal entre vos mains. Les décisions du joueur influencent l’état d’âme d’Ito et modifient le déroulement de l’enquête pour la mener à une des onze fins possibles du jeu.